ในวันที่ 7 กรกฎาคม 2546 กระทรวงศึกษาธิการได้ปรับโครงสร้างการบริหารราชการเป็นไปตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542 และที่แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2545 และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 จึงทำให้สำนักงานศึกษาธิการจังหวัดเลย สำนักงานประถมศึกษาจังหวัดเลย สำนักงานสามัญศึกษาจังหวัดเลยและหน่วยงานย่อยของ 3 หน่วย รวมตามการปรับโครงสร้างการบริหารราชการ เป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเลย โดยมีการแบ่งเขตการบริหารออกเป็น 2 เขต คือ

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเลย เขต 2 ตั้งอยู่ในบริเวณโรงเรียนชุมชนวังสะพุง ตำบลวังสะพุง อำเภอวังสะพุง จังหวัดเลย 42130 โดยการนำของ ดร.ธีรวุฒิ เจริญราษฎร์ ตำแหน่ง ผู้อำนวยการสำนักงานประถมศึกษาจังหวัดเลย ได้มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเลย เขต 2

ต่อมาได้มีการแยกสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาในจังหวัดเลย เพิ่มอีก 1 แห่ง เป็นเขตพื้นที่ 3 แห่ง

และมีการแยกส่วนราชการออกเป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา โดยในเขตพื้นที่จังหวัดเลยและจังหวัดหนองบัวลำภู ได้จัดตั้งสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาที่ 19 (เลย-หนองบัวลำภู)

ต่อมาในในวันที่ 9 กรกฎาคม 2554 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเลย เขต 2 ได้มีการย้ายสำนักงานที่เดิมไปตั้งอยู่บ้านเลขที่ 256 หมู่ที่ 3 บ้านโนนสว่าง ตำบลศรีสงคราม อำเภอวังสะพุง จังหวัดเลย 42130 จนถึงปัจจุบันนี้

ทำเนียบผู้บริหารสำนักงาน

ลำดับที่	ชื่อ-สกุล	ระยะเวลาดำรงตำแหน่ง
1		ค. 2546 – พ.ค. 2547
2		มิ.ย. 2547 – ต.ค. 2550
3		ต.ค. 2550 – พ.ย. 2553
4		พ.ย. 2553 – ต.ค. 2555
5		ต.ค. 2555 – พ.ค. 2560
6		พ.ย. 2560 – พ.ย. 2562